根據《國家稅務總局關于印發<跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號，以下簡稱57號公告），匯總納稅企業應當自年度終了之日起5個月內，由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照本辦法規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。

如何計算總分支機構分攤就地繳納的企業所得稅款呢？

總機構按以下公式計算分攤稅款：總機構分攤稅款=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50%

分支機構按以下公式計算分攤稅款：所有分支機構分攤稅款總額=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50%

某分支機構分攤稅款=所有分支機構分攤稅款總額×該分支機構分攤比例。

舉個例子

跨地區經營匯總納稅企業甲公司2020年度應納稅所得額為1000萬元，總公司位于上海，在本市設立獨立生產經營部門A，另在四川、廣東分別設立了分支機構B、C。經三項因素計算，A部門分攤比例為0.4，B分支機構分攤比例為0.3，C分支機構分攤比例為0.3。其中，B分支機構適用西部大開發15%稅率優惠政策，總機構、A部門和C分支機構適用稅率均為25%。如何計算總公司和分公司分攤就地繳納的企業所得稅款呢？

第一步

總公司統一計算全部應納稅所得額1000萬元

第二步

計算劃分各公司應納稅所得額

總公司分攤所得額＝1000×50%=500萬元

A部門分攤應納稅所得額＝1000×50%×0.4=200萬元

B分公司分攤應納稅所得額＝1000×50%×0.3=150萬元

C分公司分攤應納稅所得額＝1000×50%×0.3=150萬元

第三步

計算不同稅率地區的應納所得稅總額

總公司應納所得稅額＝500×25%=125萬元

A部門應納所得稅額＝200×25%=50萬元

B分公司應納所得稅額＝150×15%=22.5萬元

C分公司應納所得稅額＝150×25%=37.5萬元

甲公司2020年度應納所得稅總額=125＋50＋22.5＋37.5=235萬元，減免所得稅額=150×10%=15萬元

第四步

向總公司和分公司分攤就地繳納的企業所得稅款

總公司分攤就地繳納的企業所得稅款＝235×50%=117.5萬元

A部門分攤就地繳納的企業所得稅款＝235×50%×0.4=47萬元

實際總公司分攤就地繳納的企業所得稅款=117.5+47=164.5萬元

B公司分攤就地繳納的企業所得稅款＝235×50%×0.3=35.25萬元

C公司分攤就地繳納的企業所得稅款＝235×50%×0.3=35.25萬元

總分公司分別扣除已預繳的稅款，就地辦理稅款繳庫或者退庫。